對于腦干內彌漫性生長的，影像上幾乎分辨不出正常腦干組織的膠質瘤缺乏有效的治療手段，預后較差。那些限局性的分化較好的星形細胞瘤，手術愈后良好;如分化不良者，手術后輔以綜合治療，也不乏有較長生存的病例。至于膠質母細胞瘤，手術只能幫助暫時緩解臨床癥狀，為其它治療創造條件。隨著顯微手術器械改良和手術技巧的提高，腦干實質內手術的致殘率大大減低，如手術造成顱神經的損傷不是完全的，術后還有希望逐漸恢復和適應。