(1)染色鏡檢：將疣狀物作組織切片或生殖道局部粘液涂片，用帕尼科拉染劑染色后，光鏡下觀察到特征性空泡細胞或角化不良細胞和角化過度細胞，可為人類乳頭瘤病毒初步診斷。

　　(2)檢測HPV脫氧核糖核酸：根據不同標本采用點雜交或原位雜交檢測HPV脫氧核糖核酸。亦可選擇適當的特異序列，合成引物做聚合酶鏈式反應后進行雜交，聚合酶鏈式反應具有敏感，特異及可選擇不同類型的引物擴增后分型等優點。

　　(3)血清學試驗：應用重組技術表達抗原檢測患者血清中IgG抗體。或抗原免疫動物制備免疫血清或單克隆抗體檢測組織或局部粘液中人類乳頭瘤病毒抗原。

　　(4)組織化學檢查：取少量病損組織制成涂片，用特異抗人類乳頭瘤病毒的抗體作染色。如病損中有病毒抗原，則抗原抗體結合。在過氧化物酶抗過氧化物酶方法中，核可被染成紅色。此法特異性強且較迅速，對診斷有幫助。

　　(5)免疫組織學檢查：常用過氧化物酶抗過氧化物酶方法，顯示濕疣內的病毒蛋白，以證明疣損害中有病毒抗原。人類乳頭瘤病毒蛋白陽性時，尖銳濕疣的淺表上皮細胞內可出現淡紅色的弱陽性反應。