潛伏感染是指組織內僅有人類乳頭瘤病毒的脫氧核糖核酸，而無臨床和組織學的異常，亦即臨床上不但肉眼見不到疣體，而且組織病理上未發現有尖銳濕疣的變化。醋酸白試驗也無從入手。即使能做，也是陰性的，只有用高度敏感的檢測方法，才能檢到局部的人類乳頭瘤病毒脫氧核糖核酸。

　　人類乳頭瘤病毒的潛伏可能是通過正常皮膚上皮裂隙而感染基底細胞，并以潛伏狀態居住于基底細胞。人類乳頭瘤病毒異質性及其在人群中廣泛分布明顯地提示，病毒進化促進其適應各種細胞內和細胞外宿主防御機制，而這些機制控制人類乳頭瘤病毒感染與人類乳頭瘤病毒相關性皮膚、黏膜腫瘤的進展有關。細胞內控制機制的存在可解釋原發性人類乳頭瘤病毒感染與人類乳頭瘤病毒腫瘤進展方向的長久潛伏期。細胞內控制機制及局部與系統性免疫監視作用不僅說明了無癥狀個體人類乳頭瘤病毒潛伏感染的原因，而且解釋了人類乳頭瘤病毒誘發的損害為何經常出現自發性消退。至于潛伏多久，極難考證。

　　無論人類乳頭瘤病毒的潛伏感染、亞臨床感染和臨床感染，還是亞臨床或和臨床感染的部位、大小、顏色等不同表現，都是人類乳頭瘤病毒感染的一個動態變化過程。潛伏感染可發展到亞臨床感染，亞臨床感染可發展到臨床感染，潛伏感染也可直接出現臨床感染。相反，臨床感染也可以逐漸消退到亞臨床感染、潛伏感染，甚至消失。由此可見，人類乳頭瘤病毒的臨床感染時可以有亞臨床感染同時存在，也可能有潛伏感染同時存在。至于潛伏感染由于條件有限還是個未知數。但臨床和亞臨床感染是最常見到的。