1.隱深部位的感染：由于致病菌隱藏于組織深層，以及潛藏于尿道隱窩、尿道旁腺等部位，使得藥物很難對其全面殺死，給康復留下了后患。同時急性尿道炎有可能伴發前列腺炎，當尿道炎治療后，仍可因來自前列腺的感染而復發。

　　2.潛伏隱匿感染：部分微生物引起的尿道炎經抗生素治療后，因藥效和療法的缺陷，在飲酒、勞累、精神緊張等因素出現時，可能誘使潛伏致病菌繁殖，從而出現癥狀，即尿道炎復發。

　　3.致病菌耐藥：由于發病初期治療不規范，盲目用藥、破壞內環境，并造成細菌耐藥，療效不佳，時好時壞，導致持續的尿道炎發生。

　　4.并發癥的影響：如若病情反復，長期炎性損害，造成尿路黏膜、腎盂腎盞受損、纖維化、變形，尿路梗阻、畸形，影響了正常的尿液引流和治療，都給尿道炎的治療帶來影響，使得傳統的藥物治療療效不佳，治療更加困難。